Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. MikuMikuDance obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera MikuMikuDance to pliki .VSQ. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w MikuMikuDance. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez MikuMikuDance.
MikuMikuDance może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem MikuMikuDance plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez MikuMikuDance.