Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. MilkShape 3D obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera MilkShape 3D to pliki .MS3D. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w MilkShape 3D. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez MilkShape 3D.
MilkShape 3D może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem MilkShape 3D plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez MilkShape 3D.