Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. MJPEG Tools obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera MJPEG Tools to pliki .MJPG. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w MJPEG Tools. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez MJPEG Tools.
MJPEG Tools może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem MJPEG Tools plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez MJPEG Tools.