Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. MKVExtractGUI-2 obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera MKVExtractGUI-2 to pliki .MKV3D. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w MKVExtractGUI-2. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez MKVExtractGUI-2.
MKVExtractGUI-2 może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem MKVExtractGUI-2 plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez MKVExtractGUI-2.