Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. MultiEx Commander obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera MultiEx Commander to pliki .BIG. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w MultiEx Commander. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez MultiEx Commander.
MultiEx Commander może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem MultiEx Commander plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez MultiEx Commander.