Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. MySQL Workbench obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera MySQL Workbench to pliki .MWB. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w MySQL Workbench. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez MySQL Workbench.
MySQL Workbench może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem MySQL Workbench plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez MySQL Workbench.