Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. NAUPA File Encryption Utility obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera NAUPA File Encryption Utility to pliki .HDE. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w NAUPA File Encryption Utility. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez NAUPA File Encryption Utility.
NAUPA File Encryption Utility może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem NAUPA File Encryption Utility plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez NAUPA File Encryption Utility.