Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. NeutrinoSX2 obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera NeutrinoSX2 to pliki .ELF. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w NeutrinoSX2. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez NeutrinoSX2.
NeutrinoSX2 może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem NeutrinoSX2 plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez NeutrinoSX2.