Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Nexus Mod Manager obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Nexus Mod Manager to pliki .FOMOD. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Nexus Mod Manager. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Nexus Mod Manager.
Nexus Mod Manager może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Nexus Mod Manager plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Nexus Mod Manager.