Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. NINJA ROM patcher obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera NINJA ROM patcher to pliki .IPS. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w NINJA ROM patcher. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez NINJA ROM patcher.
NINJA ROM patcher może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem NINJA ROM patcher plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez NINJA ROM patcher.