Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Omics Explorer obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Omics Explorer to pliki .GEDATA. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Omics Explorer. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Omics Explorer.
Omics Explorer może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Omics Explorer plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Omics Explorer.