Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. OnyxTree Professional obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera OnyxTree Professional to pliki .TR5. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w OnyxTree Professional. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez OnyxTree Professional.
OnyxTree Professional może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem OnyxTree Professional plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez OnyxTree Professional.