Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Open Babel obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Open Babel to pliki .CDXML. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Open Babel. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Open Babel.
Open Babel może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Open Babel plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Open Babel.