Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. PaintTool SAI obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera PaintTool SAI to pliki .SAI. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w PaintTool SAI. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez PaintTool SAI.
PaintTool SAI może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem PaintTool SAI plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez PaintTool SAI.