Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. PGP Desktop obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera PGP Desktop to pliki .PGP. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w PGP Desktop. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez PGP Desktop.
PGP Desktop może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem PGP Desktop plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez PGP Desktop.