Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Prezi Desktop obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Prezi Desktop to pliki .PEZ. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Prezi Desktop. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Prezi Desktop.
Prezi Desktop może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Prezi Desktop plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Prezi Desktop.