Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Project64 obsługuje co najmniej 7 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Project64 to pliki .ROM. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Project64. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Project64.
Project64 może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Project64 plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Project64.