Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. ProjectWizards Merlin obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera ProjectWizards Merlin to pliki .MERLIN2. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w ProjectWizards Merlin. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez ProjectWizards Merlin.
ProjectWizards Merlin może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem ProjectWizards Merlin plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez ProjectWizards Merlin.