Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Puppy Linux obsługuje co najmniej 5 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Puppy Linux to pliki .2SF. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Puppy Linux. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Puppy Linux.
Puppy Linux może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Puppy Linux plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Puppy Linux.