Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Puzzle Quest obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Puzzle Quest to pliki .PQHERO. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Puzzle Quest. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Puzzle Quest.
Puzzle Quest może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Puzzle Quest plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Puzzle Quest.