Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Quake 3 obsługuje co najmniej 12 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Quake 3 to pliki .PK3. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Quake 3. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Quake 3.
Quake 3 może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Quake 3 plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Quake 3.