Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. RefTeX obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera RefTeX to pliki .BIB. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w RefTeX. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez RefTeX.
RefTeX może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem RefTeX plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez RefTeX.