Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Sequence Alignment and Modeling obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Sequence Alignment and Modeling to pliki .DIST-RDB. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Sequence Alignment and Modeling. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Sequence Alignment and Modeling.
Sequence Alignment and Modeling może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Sequence Alignment and Modeling plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Sequence Alignment and Modeling.