Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Snes9x obsługuje co najmniej 6 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Snes9x to pliki .SFC. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Snes9x. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Snes9x.
Snes9x może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Snes9x plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Snes9x.