Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. SplitJoin obsługuje co najmniej 24 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera SplitJoin to pliki .001. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w SplitJoin. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez SplitJoin.
SplitJoin może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem SplitJoin plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez SplitJoin.