Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Total Annihilation obsługuje co najmniej 7 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Total Annihilation to pliki .TDF. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Total Annihilation. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Total Annihilation.
Total Annihilation może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Total Annihilation plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Total Annihilation.