Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Wing Commander III obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Wing Commander III to pliki .TRE. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Wing Commander III. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Wing Commander III.
Wing Commander III może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Wing Commander III plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Wing Commander III.