Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Wolfenstein 3D obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Wolfenstein 3D to pliki .WL6. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Wolfenstein 3D. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Wolfenstein 3D.
Wolfenstein 3D może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Wolfenstein 3D plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Wolfenstein 3D.