Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Xj3D obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Xj3D to pliki .X3D. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Xj3D. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Xj3D.
Xj3D może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Xj3D plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Xj3D.