Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. ZEMAX obsługuje co najmniej 17 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera ZEMAX to pliki .DAT. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w ZEMAX. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez ZEMAX.
ZEMAX może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem ZEMAX plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez ZEMAX.