Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. THOR-Merlin System obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera THOR-Merlin System to pliki .TDT. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w THOR-Merlin System. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez THOR-Merlin System.
THOR-Merlin System może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem THOR-Merlin System plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez THOR-Merlin System.