Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. UFO: Aftershock obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera UFO: Aftershock to pliki .VFS. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w UFO: Aftershock. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez UFO: Aftershock.
UFO: Aftershock może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem UFO: Aftershock plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez UFO: Aftershock.