Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. WhatCrypt Tools obsługuje co najmniej 4 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera WhatCrypt Tools to pliki .CRYPT. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w WhatCrypt Tools. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez WhatCrypt Tools.
WhatCrypt Tools może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem WhatCrypt Tools plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez WhatCrypt Tools.