Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Wii Backup Fusion obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Wii Backup Fusion to pliki .ISO. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Wii Backup Fusion. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Wii Backup Fusion.
Wii Backup Fusion może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Wii Backup Fusion plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Wii Backup Fusion.