Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. FileMaker Pro obsługuje co najmniej 31 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera FileMaker Pro to pliki .SQL. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w FileMaker Pro. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez FileMaker Pro.
FileMaker Pro może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem FileMaker Pro plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez FileMaker Pro.