Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. FME Desktop obsługuje co najmniej 22 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera FME Desktop to pliki .GPX. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w FME Desktop. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez FME Desktop.
FME Desktop może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem FME Desktop plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez FME Desktop.